Med obdobji zaustavitve in skladiščenja je treba sušilne stroje postaviti na suho, dobro prezračevano mesto, da preprečite dolgotrajno izpostavljenost vlažnim, visokim temperaturam ali okolju na prostem. To je še posebej kritično za opremo za sušenje zrn, ki običajno vsebuje notranje komponente, kot so ventilatorji, motorji, transportni mehanizmi in električni nadzorni sistemi; slabi pogoji shranjevanja lahko zlahka povzročijo težave, kot so degradacija ožičenja, korozija kovin in poškodbe delov zaradi vlage. Preden se oprema premakne v skladišče, mora biti oprema podvržena temeljitemu notranjemu čiščenju, da se odstranijo morebitni ostanki zrn, prahu ali ostankov, s čimer se prepreči rast plesni ali napadi škodljivcev zaradi dolgotrajnega kopičenja. Hkrati je treba temeljito pregledati sušilne posode, kanale za vroč zrak in transportne komponente; vse obrabljene ali ohlapne dele je treba takoj popraviti ali zategniti, da preprečite okvare med prihodnjim delovanjem.
Med skladiščenjem je treba izvajati ustrezne zaščitne ukrepe tudi za kritične komponente. Izpostavljene kovinske površine na opremi je treba premazati z oljem proti rjavenju, medtem ko je treba ležaje, verige in prenosne mehanizme redno mazati in vzdrževati, da preprečite zagozditev ali rjavenje zaradi dolgotrajne nedejavnosti. Električne komponente, kot so motorji, nadzorne omare in senzorji, bi morale biti idealno prekrite z materiali, odpornimi na vlago, ali zatesnjene ločeno, da preprečite, da bi vdor vlage ogrozil delovanje opreme. Če naj oprema dlje časa ostane neuporabna, morajo biti stroji na kolesih ali mobilni sušilni stroji ustrezno podprti, da se zmanjša pritisk na pnevmatike in prepreči deformacija, ki jo povzroči dolgotrajna obremenitev. Poleg tega mora skladišče vzdrževati stroge standarde požarne varnosti; Zlaganje vnetljivih ali eksplozivnih materialov okoli opreme je strogo prepovedano, da se zagotovi varnost skladiščenja. Upoštevanje standardiziranih praks upravljanja skladiščenja ne le podaljša življenjsko dobo sušilnih strojev, ampak tudi zmanjša prihodnje stroške vzdrževanja, hkrati pa poveča splošno stabilnost in varnost delovanja opreme.
